从100天缩短至4小时，玩转alphafold2大规模并行计算

发布时间：2021-12-18 10:53:12来源：生物通

alphafold2能开箱即用，能较好地适配Alphafold2，能快速预测大的蛋白质或者蛋白质复合体

课题组科研经费不多，因此平台资源要丰富，价格不能太高。

研究中，常常需要对数百或数千个蛋白质结构进行预测，需要满足大规模并行计算需求？

大规模并行计算，速度提高500倍

课题组使用北鲲云超算平台启动500个NvidiaV100对500多个fasta.文件进行计算，仅需4个小时，相较于本地2000小时，速度提升500倍。

支持大规模并行计算是计算提速的关键。北鲲云超算平台支持一个任务可对超过100个fasta.文件进行并行alphafold2蛋白结构预测，每个fasta文件可调动1张独立的NvidiaV100卡。当fasta.文件计算结束后，独立的GPU加速卡也将自动释放，杜绝资源的浪费。

最新硬件资源，超高性价比

北鲲云平台拥有NvidiaT4、NvidiaV100、NvidiaA100等多种类型GPU资源。还采用按需计费模式，精确到分钟。以第一次在平台测试为例，课题组启用一张NvidiaV100卡计算5个fasta文件，每个fasta文件拥有300-550个氨基酸序列，仅耗费金额20元，性价比是很高的，尤其对于没有计算资源的组来说。

良好的科研环境

相较于市面上其他计算平台，北鲲云超算平台让课题组感到眼前一亮的是它的便捷性，不仅实现了Alphafold在内的300+应用软件开箱即用，还提供了命令行、工作站和可视化三种作业提交方式。无论是精通IT，还是没有计算机专业背景，都可以找到适合自己的作业提交方式。

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